Налог с продажи квартиры и приобретние другой в одном налоговом периоде

Скорее всего — не должна (если обе сделки пройдут в одном и том же календарном году). Мы уже много раз отвечали на этот вопрос. Подробности здесь: http://www.vashnal.ru/qa/nalog-na-dohody-fizicheskih-lic/nalog-pri-odnovremennoy-kuple-prodazhi-kvartiry-dva-vycheta 

Доход от продажи квартиры будет уменьшен на налоговый вычет для продавцов (1 000 000 руб.) и налоговый вычет для покупателей (2 000 000 руб.). В результате дохода от продажи квартиры, облагаемого налогом, не будет:

2 900 000 — 1 000 000 — 2 000 000 = 0 руб.

Вместо использования первого вычета вы вправе уменьшить доход от продажи квартиры на сумму расходов по ее покупке подтвержденных документально. Это выгоднее если такие расходы превышают 1 000 000 руб. (то есть сумму вычета). Второй вычет вы вправе получить при условии, что ранее вы им не пользовались.