Я правильно понимаю, что если 1/2 доля квартиры принадлежит собственнику более 3-х лет, а потом она увеличивается до 5/6 доли квартиры, то 3-х летний срок владения квартирой, не начинается вновь???
Правильно.
Срок владения долей отсчитывается с даты получения первой доли в квартире. Тот факт, что размер доли увеличился значения не имеет (подробности по ссылке).
С уважением, администрация портала «Ваши налоги».